12歳になった貴族の少年マティアスは魔法を学ぶため王都の学園の入学試験を受けに行く。道中で襲ってきたモンスターを簡単に退け、同じく試験を受けに来た少女ルリイとアルマのために常識離れの付与魔術を披露し、試験本番では圧倒的な力を見せつける。「失格紋」の持ち主でありながらここまでの実力を発揮する彼の正体は……。

マティアスの正体は、数千年の時を経て転生した賢者ガイアスだった！ マティアスは学園同士の代表が戦う対抗戦に出場し、余裕で勝利。しかも彼が倒した生徒の正体は前世で滅ぼしたはずの魔族だった。これをきっかけに動き出した魔族たち。マティアスは来るべき魔族たちの戦いに備え、ルリイとアルマを連れて迷宮の探索へ向かう。

王都に突如現れた2体の魔族。2体を同時には相手にできないマティアスは1体を自分が、もう1体をルリイとアルマに任せることに。魔族に対して魔力量で劣るマティアスに、実戦経験は足りないルリイとアルマ。圧倒的不利に見える戦いで、マティアスが元賢者としての真価を発揮する！ そしてさらに新たなる規格外の仲間が……。

前世の頃の知り合いであった暗黒竜イリスを仲間にしたマティアスは、彼女の背に乗って魔族が潜伏する村へ向かう。突然のマティアスの襲撃に困惑する魔族たちだったが、彼らはこの戦いの前にある壮大な策を用意していた……。そして王都に戻ろうとするマティアスはイリスに対してとんでもない提案を言う。

王都に向けて魔物を大量に発生させていた魔族たち。それに対する防衛策としてマティアスは結界を構築するために、第一学園の協力を求めたり、迷宮で結界の材料を集めたりと大忙し。しかし、第一学園からは対抗意識を燃やす向こうの校長に協力を跳ね除けられ、迷宮内では誤って巨大な竜を召喚してしまうなどトラブル続きで……。

王都大結界の構築中、魔族が王都周辺に侵入してきた。結界の構築から手を離せないマティアスは魔族の対応をルリイとアルマに任せることに。二人はマティアスの期待に応えてあっさり魔族を撃退。しかし魔族は最終手段を用いて、いよいよ全軍を王都に集結させる。学園生たちと魔族の全面衝突がついに始まる……！

マティアスたちは龍脈の調査をするために学園を離れ、迷宮都市メルキアへの旅に出る。だが、たどり着いたメルキアは領主の無茶な命令と強力な魔物の出現が重なり、すっかりさびれていた。問題の迷宮を調査するべく冒険者ギルドで許可証をもらおうとするマティアスたちだが、さっそく魔物が起こした騒ぎに巻き込まれ……。